RFLP

Qué es el RFLP

El nombre llegó a la genética en 1980, cuando David Botstein, Raymond White, Mark Skolnick y Ronald Davis lo acuñaron en un artículo del American Journal of Human Genetics que proponía construir un mapa de ligamiento del genoma humano completo a partir de este tipo de variación. El principio es sencillo: una enzima de restricción reconoce una secuencia corta y concreta de ADN y corta siempre por ese mismo punto. Si una variante genética crea, destruye o desplaza uno de esos puntos de corte, el fragmento resultante cambia de longitud, y esa diferencia de tamaño es el polimorfismo que da nombre a la técnica. El concepto general de polimorfismo, y el papel de este tipo de marcadores frente a otros, se desarrollan en polimorfismo genético y en marcador genético.

El protocolo original exigía varios pasos. Primero, digerir el ADN con la enzima elegida y separar los fragmentos resultantes por tamaño mediante electroforesis. Después, transferirlos a una membrana y localizar el fragmento de interés entre miles de otros mediante una hibridación con una sonda marcada, la técnica que Edwin Southern había descrito en 1975 para un fin distinto y que el RFLP adoptó como herramienta de detección. El resultado, tras revelar la membrana, era un patrón de bandas comparable entre individuos.

El primer uso clínico: el gen de la anemia falciforme

En 1978, dos años antes de que existiera el nombre RFLP, Yuet Wai Kan y Andrée Dozy publicaron en Proceedings of the National Academy of Sciences la primera descripción de un polimorfismo de este tipo ligado a una enfermedad concreta: una variación en el punto de corte de la enzima HpaI, situada cerca del gen de la betaglobina, que se heredaba junto con la mutación de la anemia falciforme sin encontrarse dentro del propio gen. Meses después, los mismos autores lo aplicaron en Lancet al diagnóstico prenatal de la enfermedad a partir de células del líquido amniótico. No detectaban la mutación en sí. Detectaban un marcador vecino que viajaba con ella por herencia, la misma lógica de ligamiento que dos años más tarde generalizaría el artículo de Botstein y sus colegas.

De la clínica al tribunal: RFLP y huella genética

El genetista británico Alec Jeffreys llegó al RFLP por un camino distinto. En la Universidad de Leicester buscaba regiones del ADN humano especialmente variables, los minisatélites, sin ningún interés forense concreto. La mañana del 10 de septiembre de 1984 reveló una placa con fragmentos de restricción de varias personas de una misma familia y descubrió un patrón de bandas único para cada individuo, salvo entre gemelos idénticos. En 1985 aplicó la técnica, por primera vez fuera del laboratorio, para resolver un caso de inmigración británico en el que se dudaba del parentesco de un menor con su madre; poco después llegó su uso en investigaciones criminales. Aquella variante del RFLP centrada en minisatélites acabó cediendo el paso a los marcadores más cortos y más fáciles de amplificar por PCR que se explican en VNTR, hoy dominantes en el laboratorio forense.

Un método en retirada

David Botstein, coautor del artículo fundacional de 1980, falleció en febrero de 2026 tras dedicar buena parte de su carrera a la cartografía del genoma humano. Para entonces, el RFLP llevaba décadas cediendo terreno frente a métodos que necesitan mucha menos cantidad de ADN y mucho menos tiempo: la reacción en cadena de la polimerasa, los microsatélites y la secuenciación masiva. Muchos de los primeros mapas de enfermedades hereditarias, construidos entre 1980 y mediados de los años noventa, se apoyaron en la posición de marcadores RFLP que hoy solo aparecen citados en la bibliografía histórica. El índice que mide cuánta información aporta cada uno de esos marcadores, propuesto en el mismo artículo de 1980, se aborda en contenido de información del polimorfismo.

Preguntas frecuentes

¿Por qué se pronuncia a veces "riflip"?

Porque así apodaron informalmente el acrónimo algunos genetistas de los años ochenta, aunque en los textos formales se usa siempre el nombre completo o las siglas RFLP sin más.

¿El RFLP detecta directamente la mutación causante de una enfermedad?

No, casi nunca. Detecta un marcador cercano que se hereda junto con la mutación por ligamiento genético, no la alteración en sí; así fue como Kan y Dozy diagnosticaron la anemia falciforme antes de nacer en 1978, sin secuenciar el gen de la betaglobina.

¿En qué se diferencia del VNTR?

El VNTR es el tipo de secuencia repetitiva que puede generar un patrón de RFLP especialmente informativo, y así lo aprovechó Alec Jeffreys para la huella genética. Son conceptos relacionados, no sinónimos: RFLP describe la técnica de detección; VNTR, el objeto genético detectado.

¿Por qué dejó de usarse el RFLP?

Por varias razones que se sumaron a la vez. Cada análisis requería varios microgramos de ADN, una cantidad difícil de obtener de muestras pequeñas o degradadas. El proceso combinaba corte enzimático, electroforesis, transferencia a una membrana e hibridación con sonda radiactiva, con semanas de espera hasta obtener un resultado legible. Cuando a mediados de los años ochenta se generalizó la reacción en cadena de la polimerasa, capaz de amplificar millones de copias de una región concreta a partir de cantidades mínimas de ADN, la ventaja de no requerir clonación previa dejó de compensar la lentitud del RFLP. Los microsatélites amplificados por PCR ofrecían la misma información con una muestra mucho menor y en cuestión de horas. El RFLP no desapareció de golpe, pero su uso rutinario en el laboratorio se redujo con rapidez durante los años noventa.

Referencias

1. Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 1980.
2. Kan YW, Dozy AM. Antenatal diagnosis of sickle-cell anemia by DNA analysis of amniotic-fluid cells. Lancet, 1978 (recogido en el archivo documental del Human Genome Project, Cold Spring Harbor Laboratory).
3. Investigative Genetics. The man behind the DNA fingerprints: an interview with Professor Sir Alec Jeffreys.
4. Southern EM. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. Journal of Molecular Biology, 1975 (citado en documentación de patente de la USPTO).