Diagnostic microbiologique des infections des voies urinaires
« Les principales infections des voies urinaires sont d’origine bactérienne et fongique, bien qu’il existe également des infections virales et parasitaires. »
DR. MELANIA IÑIGO PESTAÑA SPÉCIALISTE. SERVICE DE MICROBIOLOGIE CLINIQUE
Qu’est-ce qu’une infection urinaire ?
Les infections urinaires comptent parmi les infections les plus fréquentes chez l’être humain. Elles sont provoquées par une variété de micro-organismes : bactéries, virus, parasites et champignons.
La présence de bactéries dans les urines est appelée bactériurie. Celle-ci n’est pas toujours synonyme d’infection. Un comptage bactérien supérieur à 100 000 UFC/ml (unités formant des colonies), associé à une réponse inflammatoire, indique une infection urinaire.
En général, une contamination par la flore urétrale due à un prélèvement inadéquat se traduit par un comptage inférieur à 100 000 UFC/ml.
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Quand le diagnostic microbiologique des infections urinaires est-il réalisé ?
Il existe des situations où le diagnostic d'infection urinaire est possible avec des dénombrements inférieurs à 100 000 UFC/ml.
Parmi celles-ci figurent :
- Enfants présentant un reflux vésico-urétéral (lésion rénale).
- Femmes enceintes (risque d'infection urinaire asymptomatique et de lésion fœtale).
- Procédures invasives au niveau des voies urinaires.
- Patients sondés.
- Syndrome urétral aigu.
- Patients ayant reçu un traitement antibiotique préalable.
- Apport hydrique élevé.
- Patients présentant une obstruction urinaire.
- Pyélonéphrite aiguë.
Maladies pour lesquelles des examens de diagnostic d'infection des voies urinaires sont demandés :
- Cystite (douleur, brûlures et fréquence urinaire).
- Pyélonéphrite (douleur latérale, fièvre, symptômes systémiques).
- Prostatite.
- Abcès intrarénaux.
Soupçonnez-vous une infection urinaire ?
Il peut être nécessaire de réaliser des examens diagnostiques microbiologiques
Comment est réalisé le diagnostic d'une infection urinaire ?
Prélèvement des échantillons
L'échantillon d'urine peut être recueilli de différentes manières :
- Milieu de jet urinaire (forme la plus habituelle) : pour éviter la contamination, certaines précautions doivent être prises, comme laver les organes génitaux externes et les zones voisines avec de l'eau et du savon ; les femmes doivent écarter avec les mains les grandes lèvres et, après avoir éliminé la première portion de l'urine, recueillir le milieu de jet dans un récipient stérile à large ouverture.
Il est recommandé de recueillir l'échantillon aux premières heures du matin. Le recueil d'urine chez les nourrissons et les jeunes enfants est plus compliqué. Des sachets collecteurs spéciaux sont utilisés, collés sur le périnée des filles ou autour du pénis des garçons.
Si au bout d'une heure l'échantillon n'a pas été recueilli ou si le sachet est souillé, il faut le remplacer, car la contamination par la microbiote fécale est un problème assez fréquent. - Ponction sus-pubienne : la zone à ponctionner est désinfectée avec un iodophore, puis l'échantillon est prélevé par ponction transcutanée à la seringue directement dans la vessie.
- Sonde vésicale : l'urine est obtenue en ponctionnant à travers la sonde préalablement désinfectée. Le sondage peut être utilisé pour obtenir un échantillon uretéral.
Dans les cas de prostatite, il existe un protocole de prélèvement d'échantillons, mais en raison de sa complexité, on réalise le prélèvement de deux échantillons d'urine (milieu de jet), avant et après un massage prostatique.
L'échantillon doit être envoyé rapidement au laboratoire afin d'éviter la prolifération des micro-organismes. Si cela n'est pas possible, il doit être conservé à 4 °C.
Comment se fait le diagnostic
Examen microscopique :
L'examen microscopique de l'urine permet d'apprécier la cytologie de l'urine (hématies, leucocytes, cellules épithéliales) et les bactéries. La visualisation d'hématies, de leucocytes et de cylindres en nombre significatif constitue un signe pathologique. La plupart des infections des voies urinaires s'accompagnent de plus de 10 leucocytes/mm³.
Le dénombrement de plus de 10 cellules desquamatives/mm³ indique un mauvais recueil de l'échantillon.
Diagnostic de l'infection urinaire d'étiologie bactérienne :
On ensemence 1 à 10 ml d'urine sur des milieux de culture appropriés. Après 24 heures d'incubation dans des conditions adéquates, généralement à 35 °C, on procède au dénombrement et à l'identification des colonies développées.
L'identification des bactéries repose sur :
- Colorations : morphologie bactérienne et comportement tinctorial.
- Tests biochimiques.
Une fois la bactérie identifiée, un antibiogramme est réalisé pour déterminer la sensibilité à différents antibiotiques et choisir le traitement le plus approprié.
Diagnostic de l'infection urinaire d'étiologie fongique :
Après centrifugation de l'urine, le sédiment est ensemencé sur des milieux spécifiques pour l'isolement de champignons et/ou de levures.
L'identification repose également sur des tests biochimiques, et la sensibilité à différents agents antifongiques est déterminée.
Diagnostic de la tuberculose rénale :
Parmi les mycobactéries, l'espèce la plus importante est Mycobacterium tuberculosis. Pour l'isolement de ce genre bactérien, des milieux plus spécifiques et des temps d'incubation plus prolongés sont nécessaires.
Il faut 2 à 3 semaines pour observer des colonies de Mycobacterium tuberculosis, bien que les cultures ne soient pas considérées comme négatives avant 8 semaines.
L'identification et les tests de sensibilité doivent également être réalisés dans ce cas.
Diagnostic des infections urinaires d'origine parasitaire :
Le parasite le plus fréquent dans ce type d'infections est Trichomonas vaginalis. Un examen microscopique du sédiment d'urine recueillie pendant 24 heures, ou à défaut de la première portion de l'urine, est réalisé pour visualiser le parasite.
D'autres parasites (Schistosoma haematobium) peuvent être à l'origine d'infections, bien qu'ils soient rares dans notre environnement.
Diagnostic de l'infection urinaire d'étiologie virale :
Les causes virales sont rares, bien qu'il soit possible d'isoler certains virus dans l'urine en l'absence de maladie des voies urinaires.
Le Service des Maladies Infectieuses
de la Clínica Universidad de Navarra
Diagnostic et traitement des maladies provoquées par un agent infectieux, qui peut être une bactérie, un virus, un champignon ou un protozoaire. Les infections touchent les personnes en provoquant des processus très divers pouvant se localiser dans n’importe quel tissu du corps humain, ce qui exige une prise en charge spécifique.
Ce service exerce son activité sur trois fronts : mission de soins, centrée sur le diagnostic et le traitement des maladies infectieuses ; enseignement, avec la formation des étudiants en médecine, des médecins résidents et des infirmières ; et vocation de recherche, à travers le développement d’études cliniques et de laboratoire.
Organisés en unités de soins
- Infections associées aux biomatériaux.
- Infections nosocomiales (multirésistances).
- Infections chez les patients immunodéprimés.
- Infections communautaires.
- Médecine des voyages.
- Programme d’utilisation prudente et d’optimisation de la thérapie anti-infectieuse.
- Contrôle de l’infection par des microorganismes multirésistants.
Pourquoi à la Clinique ?
- Nous réalisons l’évaluation du voyageur et les analyses biologiques en moins de 24 heures.
- Consultation de deuxième avis lorsque l’infection ne se résout pas complètement.
- Nous veillons à l’utilisation prudente des antibiotiques.
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